Linguistische Anhaltspunkte legen nahe, dass die Mangbetu aus dem Nordosten, möglicherweise aus dem heutigen Sudan, einwanderten. Auf ihrem Weg nach Süden trafen sie auf Bantu, die in nördliche Richtung zogen, und ließen sich im 19. Jahrhundert in ihrem heutigen Gebiet nieder. Sie vermischten sich mit den zuvor dort ansässigen Mbuti und den Bantu. Im 19. Jahrhundert wurde ein Mangbetu-Königreich gegründet, das die Region politisch dominierte, bis um 1880 Sklavenjäger in das Gebiet kamen und das Königreich in von muslimischen Sultanen geführte Sultanate fragmentierten. Die belgische Kolonialmacht verdrängte später die Sklavenjäger.

Die Mangbetu leben als Hackbauern, von der Fischerei und etwas Jagd. Wichtigste Anbauprodukte sind Maniok und Kochbananen, daneben wird Rinderhaltung betrieben. Das Vieh gilt als Symbol für Wohlstand und dient oft zur Zahlung des Brautpreises. Anders als bei anderen sudanischen Völkern dürfen bei den Mangbetu ausschließlich Männer die Arbeit des Melkens verrichten.